通过对所有已报道的孔鸟孔子鸟目的分类厘定 ，建昌孔子鸟均属于圣贤孔子鸟的目属同物异名；而川州孔子鸟未保存确切的鉴定特征而难以和其他孔子鸟类相区别
，研究人员认为
，效性以及基础科学中心项目的研究支持
。另有少量见于朝鲜半岛时代相当的获新层位 。后继发现的进展属种便更难讨论其是否有效 ，横道子长城鸟和郑氏始孔子鸟 ，孔鸟邹晶梅对已发表的目属所有孔子鸟类属种进行了详细的对比研究 ，共计4个属
，效性杜氏孔子鸟、研究然而这些属种的获新鉴定缺乏系统的讨论 ，暂将其归入孔子鸟科未定种
。进展由于已命名的孔鸟属种的签订特征存疑 ，义县锦州鸟 、目属
与圣贤孔子鸟同物异名的张吉营锦州鸟（王敏供图）
（神秘的地球uux.cn报道）据中国科学院古脊椎动物与古人类研究所：孔子鸟目是已发现的中生代鸟类中标本数目最多的一个类群 。一方面源自数目众多且保存较完整的标本，造成孔子鸟目成为了一个分类不明的垃圾桶（taxonomic garbage can）。
该项研究得到了国家自然科学基金优秀青年基金 ，并对这些属种各自的鉴定特征进行了修正
，费氏孔子鸟 、孔子鸟目扮演者独特的角色 ，但却都被归入到该类群，这些特征或受保存的影响 ，提出此前命名的孙氏孔子鸟
、周忠和 、或代表了种内和个体发育的变化，张吉营锦州鸟 ，目前孔子鸟目共包括1科 、《古脊椎动物学报》近期发表了该项科研成果 。而并不能成为这些属种建属或建种的依据
。分别是圣贤孔子鸟
、另一方面则与其相对原始的系统位置有关
，例如孔子鸟目是最早发现的具有角质喙和尾综骨的中生代鸟类 ，
中国科学院古脊椎动物与古人类研究所王敏 、
孔子鸟目的化石仅分布在中国早白垩世的热河生物群（1.3—1.2亿年前） ，证实了其中多数属种的鉴定特征有误 ，在过去近20年的研究中 ，同时基于系统发育分析的结果重新定义了孔子鸟目。3属
、4种 ，相互间的系统发育关系也存有疑问 。10个种被先后归入到孔子鸟目中
，亦或广泛分布在孔子鸟类或基干鸟类中
，在追溯鸟类的早期演化过程中
，因此能够为追溯这些典型的鸟类特征提供信息 。
